Фамилия Евплухин — редкий случай, когда в основе лежит не просто имя, а имя, за которым стоит конкретный святой, причём не самый популярный в народном календаре. Корень здесь — каноническое мужское имя Евпл (церковная форма Евпл, от греческого «хорошо плавающий»). Это имя носил святой мученик Евпл, диакон из Сицилии, казнённый в 304 году. В русской бытовой традиции имя Евпл давали редко, но в крестьянской среде оно встречалось, особенно в тех губерниях, где чтили этого святого.

Модель образования типична для русского Севера и Поволжья: суффикс -ихин указывает на принадлежность «из дома» или «из семьи» человека по имени Евпл. Сначала появилось прозвище или отчество «Евплуха» — так могли называть Евпла в обиходе, с уменьшительно-пренебрежительным или просто разговорным оттенком. Затем от этой формы через притяжательное прилагательное (чей? — Евплухин) закрепилась фамилия. То есть Евплухины — это буквально «дети Евплухи», потомки человека, которого в деревне звали Евплухой.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России, где суффикс -ихин встречается чаще, чем на юге. Встречается она нечасто, поэтому носители, скорее всего, связаны родством — все современные Евплухины могут восходить к одному предку, жившему в XVII–XVIII веках.

Спорных версий здесь немного: иногда основу ошибочно связывают с глаголом «вплутать» или «плутать», но это натяжка. Имя Евпл даёт ясную и прямую этимологию, и её стоит считать основной. Социально фамилия почти наверняка крестьянская или мещанская — в дворянских родословных она не фиксируется.