Фамилия Фадеенкова принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных от полных форм крестильных имён. В её основе лежит каноническое имя Фаддей (древнееврейское «хвала»), которое в народной речи часто трансформировалось в Фадей. От этого имени через суффикс -енк-, типичный для восточноукраинских и южнорусских земель, и возникла фамилия.

Суффикс -енко в фамилиях традиционно указывал на «малого», «сына» или «потомка»: Фадеенко буквально означало «Фадеев сын» или «маленький Фадей». Женская форма Фадеенкова появилась как указание на принадлежность к роду — жену или дочь человека с фамилией Фадеенко. Такие фамилии особенно характерны для бывшей Слобожанщины и земель современной Белгородской, Курской, Воронежской областей, где украинская модель фамилеобразования активно смешивалась с русской.

В отличие от более привычной фамилии Фадеев, где суффикс -ев указывает на прямую патронимию («чей?» — Фадеев), форма с -енко несёт оттенок уменьшительности или принадлежности к младшей ветви рода. Это различие могло быть существенным в крестьянской среде XVIII–XIX веков: если Фадеевы — потомки некоего Фадея, то Фадеенковы — его внуки или правнуки, выделившиеся в отдельную семью.

Встречаются и альтернативные написания — Фадеенков, Фадеенко, что связано с разной традицией фиксации фамилий в метрических книгах. Сама фамилия нередкая, но не массовая: её носители в основном сосредоточены в регионах, граничащих с Украиной, и в центральной России. Значение фамилии прозрачно: предок носителя был человеком по имени Фаддей, и фамилия сохранила память о нём без дополнительных прозвищных смыслов.