Фамилия Фандуберин — редкий случай, когда корень почти наверняка указывает на географию, а не на профессию или личное имя. Основа здесь — «Фандубер» или «Фандуберя». Скорее всего, это не славянское, а тюркское или иранское прозвище, которое закрепилось за человеком, приехавшим с определённой местности.

Суффикс «-ин» — стандартный русский патронимический показатель. Он указывает на принадлежность: «чей?» — Фандуберин, то есть сын или потомок Фандубера. В отличие от фамилий на «-ов/-ев», которые чаще образуются от названий профессий или животных, «-ин» в русской традиции тяготеет к основам, оканчивающимся на гласный или мягкий согласный. Здесь основа твёрдая, но суффикс «-ин» мог закрепиться из-за того, что исходное прозвище воспринималось как имя собственное, а не нарицательное.

Что могло значить само слово «Фандубер»? Наиболее вероятная версия — топонимическая. В Закавказье и на Северном Кавказе есть несколько мест с корнем «фанду» (например, село Фандуг в Азербайджане). В осетинском языке «фандур» — это музыкальный инструмент, род балалайки. Если прозвище дали музыканту или мастеру по изготовлению таких инструментов, то фамилия могла появиться у осетин, переселившихся в русские губернии. Однако более правдоподобно, что «Фандубер» — это искажённое тюркское «бендюбер» или «фендер» (от персидского «пендир» — сыр, или от тюркского «бенд» — плотина, запруда). В таком случае прозвище могло относиться к человеку, жившему у запруды или торговавшему сыром.

Фамилия Фандуберин почти не встречается в центральных областях России. Её очаги — южные регионы, особенно Ставрополье, Краснодарский край и Ростовская область. Это косвенно подтверждает связь с кавказскими и тюркскими народами. В XIX веке носители такой фамилии могли быть казаками или крестьянами, переселившимися с Кавказа, либо обрусевшими представителями местных народов, получившими фамилию при крещении или записи в ревизские сказки.

Есть ещё одна, менее вероятная версия — от немецкого «Fanduber» (шутливое прозвище от глагола «fand» — нашёл, и «über» — над, сверх). Но для русской фамилии такая этимология слишком надуманна, к тому же немецкие колонисты в России обычно получали фамилии на «-ов» или «-ский», а не на «-ин».

Таким образом, Фандуберин — фамилия с южным колоритом, скорее всего, топонимическая или профессиональная, связанная с Кавказом или Закавказьем. Точное значение исходного прозвища сегодня уже не восстановить без архивных записей, но ясно одно: предок носителя этой фамилии был человеком не из центральной России, а с южных рубежей, где смешивались языки и культуры.