Фамилия Фанюшина — женская форма фамилии Фанюшин. Её основа, на первый взгляд, звучит как уменьшительно-ласкательное имя, и это действительно так. Фанюша — это народная, разговорная форма канонического имени Афанасий. В русском языке имя Афанасий (от греческого «афанатос» — бессмертный) давало целый веер производных: Афоня, Фоня, Фаня, а от последнего — Фанюша. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Фанюшин, то есть сын, потомок Фанюши. Так что исходное значение фамилии — «потомок человека по имени Фанюша (Афанасий)».

Модель образования типична для русских фамилий северных и центральных губерний. Суффикс -ин крепится к основам на -а/-я, что характерно для прозвищ и уменьшительных имён. В отличие от фамилий на -ов (от основ на согласный), Фанюшин стоит в ряду таких же «сыновьих» фамилий, как Петин, Ванин, Сашин. Интересно, что имя Афанасий в крестьянской среде было очень распространено, но его сокращённые формы разошлись по разным фамилиям: Афонин, Фонин, Фанин, Фанюшин. Последняя — самая редкая, так как форма Фанюша — более ласковая и менее официальная, чем просто Фаня.

Географически фамилия Фанюшина тяготеет к северо-востоку Европейской России. По данным современных исследований, наибольшая концентрация носителей фамилии Фанюшины (в мужском роде) фиксируется в Кировской области и Пермском крае. Это зона бытования так называемого «северорусского» типа фамилий, где суффикс -ин встречается чаще, чем на юге. Встречаются Фанюшины и в Удмуртии, что объясняется переселенческими потоками XIX века из Вятской губернии.

Спорных версий у фамилии практически нет. Единственная альтернатива — возможная связь с диалектным словом «фаня» или «фанюшка». В некоторых говорах так могли называть хвастуна или франта, но это значение локальное и не закрепилось в литературном языке. Правдоподобнее всего именно имя Афанасий, тем более что цепочка «Афанасий — Фаня — Фанюша — Фанюшин» прозрачна и подтверждается ономастическими словарями, например, работой Б. Унбегауна «Русские фамилии».

Таким образом, Фанюшина — фамилия, которая прямо говорит о предке: он был Афанасием, которого в семье ласково звали Фанюшей. Никакого тайного смысла или сложной этимологии здесь нет, но есть живая связь с народной традицией имён, где полное имя сокращали до неузнаваемости, а потом передавали в фамилии через поколения.