Фамилия Фатунов — редкий пример искусственного именования в русской ономастике. В отличие от большинства фамилий, которые вырастали из прозвищ, ремесел или имен предков, эту, скорее всего, сознательно сконструировали. Наиболее правдоподобная версия возводит основу к латинскому слову fatus — «судьба, участь», а также «предсказание, гороскоп». В таком случае фамилию могли дать в духовной семинарии, где будущим священникам нередко меняли или присваивали «благозвучные» фамилии на латинской основе. Подобная практика была распространена в России XVIII–XIX веков, и Фатунов вполне мог выйти из стен семинарии с именованием, отсылающим к божественному промыслу.

Есть и вторая версия, но она заметно слабее. Согласно ей, Фатунов — искаженный при переписи или регистрации вариант фамилии Шатунов. Ошибка могла возникнуть из-за небрежного заполнения документов или неразборчивого почерка писаря. Если так, то исходная фамилия образовалась от прозвища Шатун — так называли человека, который скитается, любит перемену мест, либо, напротив, праздного бездельника, шатающегося без дела. Иногда прозвище закреплялось за непоседливым, беспокойным ребенком. В народе про таких говорили: «Сам шатун, дети пошаточки». Однако эта гипотеза упирается в морфологию: замена начального «Ш» на «Ф» — не типичная для русских говоров фонетическая мутация, поэтому версия с латинским корнем выглядит убедительнее.

На искусственное происхождение подобных фамилий указывает и сама модель образования. От нарицательного слова мужского рода суффикс -ов присоединяется без труда, но в случае с заимствованными или книжными основами правила иногда сбоили. Классический пример — фамилия Розов: от слова «роза» ожидалась бы форма Розин, но выбрали именно -ов, как у слов мужского рода. Фатунов построен по той же схеме: латинское fatus получает русский фамильный суффикс, превращаясь в отчество-притяжательное именование, хотя по строгим правилам от основы на -ус логичнее было бы ждать Фатусин.

Сама фамилия встречается крайне редко, что тоже говорит в пользу ее «кабинетного» происхождения — такие именования не множились естественным путем, а присваивались точечно. Сегодня Фатуновы — это, скорее всего, потомки тех самых семинаристов или, если верить второй версии, дальние родственники Шатуновых, чья фамилия пострадала при оформлении бумаг.