Фамилия Файсановы — редкая и не сразу поддающаяся однозначному толкованию. На первый взгляд она звучит как типичная русская фамилия на -ов, образованная от прозвища или имени, оканчивающегося на -ан. Однако корень здесь не славянский, а тюркский или арабский, что указывает на вероятное происхождение из среды татар, башкир или других народов, исповедующих ислам, которые впоследствии вошли в состав российского дворянства или купечества.

Основа фамилии — «Файсан». Это, скорее всего, искажённое или русифицированное личное имя Файз (или Файзи), что в переводе с арабского означает «победитель», «торжествующий» или «щедрый». Суффикс -ан в тюркских языках часто служит для образования имён (сравните: Алпан, Сайфан), либо является частью сложного имени. Другая, менее вероятная, версия связывает её с географическим названием — например, с селом Файсановка (такие топонимы встречаются в бывших губерниях с татарским населением), но для фамилий типичнее образование от личного имени.

Модель образования — притяжательная: «чей?» — Файсанов. Суффикс -ов указывает, что фамилия формировалась в русской среде или при оформлении документов на русском языке. Это значит, что предок носителя фамилии, вероятно, был крещёным татарином, либо мусульманином, чью фамилию записали по отчеству («сын Файсана»). В дворянских родословных книгах Поволжья и Оренбуржья встречаются фамилии сходного строя — Файзуллины, Файзрахмановы, что подтверждает ареал бытования.

В отличие от многих фамилий, где спор идёт о прозвище или профессии, здесь почти нет сомнений в религиозно-культурной подоплёке. Версия о том, что «Файсан» — это искажённое «Файсал» (арабское имя, означающее «судья» или «меч»), тоже имеет право на существование, но менее вероятна из-за фонетических расхождений: в русской записи имя Файсал обычно не превращается в Файсан. Таким образом, Файсановы — это потомки человека по имени Файсан, вероятно, выходца из татарской или башкирской среды, чья фамилия закрепилась в документах после перехода на русский язык.