Файтуллаев — фамилия, в которой почти безошибочно угадывается мусульманский восток. Её основа — арабское имя Файтулла (варианты: Файзулла, Фейтулла), что переводится как «милость Аллаха» или «щедрость Божья». Имя это составное: «файд» (или «файз») означает «изобилие, милость, благодать», а «улла» — сокращённая форма «Аллах». Таким образом, имя давалось с пожеланием божественного покровительства и достатка.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или на -а/-я. В данном случае конечный звук основы — мягкий [л'] (Файтулла → Файтулла-ев). Это типичный для фамилий тюркских и кавказских народов, вошедших в состав Российской империи, способ русификации: к отцовскому имени (Файтулла) добавляли русский патронимический суффикс, и сын Файтуллы становился Файтуллаевым.

Географически фамилия тяготеет к регионам традиционного ислама в России: Татарстан, Башкортостан, Дагестан, Чечня, а также к странам Средней Азии — Узбекистан, Таджикистан, Азербайджан. В русском написании встречаются колебания: Файтуллаев, Файзуллаев, Фейтуллаев — это варианты одного корня, различающиеся огласовкой в первом слоге, что отражает диалектные особенности произношения.

Социально фамилия не указывает на конкретное сословие или ремесло. Её носители могли быть и крестьянами, и духовными лицами, и купцами: имя Файтулла было распространено среди самых разных слоёв. В документах XIX — начала XX века Файтуллаевы встречаются в метрических книгах мечетей и в списках переселенцев из Поволжья в Казахстан и Сибирь.

Однокоренные фамилии — Файзуллин (с татарским суффиксом -ин, указывающим на принадлежность), Файзуллоев (с узбекским окончанием -ев), Файтулов (без удвоения «л»). Файтуллаев стоит в этом ряду как вариант, сохранивший полную форму арабского имени.