Фамилия Файзыханова — женская форма от Файзыханов. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант, который построен по типичной для тюркских фамилий модели: основа «Файзыхан» + русский патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»). Таким образом, Файзыханов — это буквально «сын (или потомок) Файзыхана».

Основа «Файзыхан» — составное имя, популярное у тюрко-мусульманских народов (татары, башкиры, народы Средней Азии). Первая часть «Файзы» — арабского корня, означает «победа», «успех», «изобилие», «щедрость». Вторая часть «хан» — традиционный тюркский титул, который в именах часто терял прямое значение власти и служил уважительным компонентом, пожеланием стать «господином» или просто усиливал первую часть. Имя Файзыхан можно перевести как «победоносный хан» или «щедрый правитель».

Фамилия Файзыханова по своей структуре — типичная для татарского дворянства и духовенства, а также для состоятельных слоёв купечества. Она поздняя, окончательно закрепилась в XIX веке, когда у татар и башкир стали массово появляться фамилии, образованные от сложных арабско-персидских имён. В отличие от простых фамилий от ремёсел или прозвищ, эта несёт отчётливый отпечаток книжной, уважаемой традиции.

Среди носителей фамилии выделяется известная татарская поэтесса и прозаик Гузель Файзыханова (род. 1963), чьё творчество связано с национальной культурой и историей. Впрочем, встречается фамилия и у других народов Поволжья и Урала, а также у казанских татар в диаспоре.

В написании стоит обратить внимание на вариантность: из-за арабского происхождения корня в старых документах могли встречаться написания через «з» и «с» (Файсыханов), но нормой является «Файзыханов» с буквой «з», так как она точнее передаёт арабский звук «за».