Фамилия Фазлутдинов напрямую связана с арабским мужским именем Фазлутдин, которое переводят как «достоинство веры» или «милосердие веры». Это составное теофорное имя, где первая часть «фазл» означает «милость», «щедрость», «превосходство», а вторая — «дин» — «религия», «вера». Таким образом, имя в целом осмыслялось как «милость Аллаха» или «тот, кто превосходит в вере», и давалось с надеждой, что ребёнок вырастет благочестивым и удостоится божественной благодати.

По своей словообразовательной модели фамилия относится к классическому для тюркских народов типу: к восточному имени добавили русский патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность к отцу. Изначально Фазлутдинов — это «сын Фазлутдина», и такое оформление закрепилось в среде татар и башкир в XIX веке, когда у мусульманского населения Поволжья и Урала начали массово появляться фамилии по русскому образцу для официальных документов и переписи.

Интересно, что в отличие от многих русских фамилий, которые произошли от мирских прозвищ или профессий, Фазлутдинов — это фамилия «от имени». Она не описывает род занятий предка, а прямо указывает на его личное имя. Носители этой фамилии в большинстве своём происходят из среды татарского духовенства или зажиточных крестьян, где было принято давать детям имена с религиозным смыслом. Встречаются и варианты написания — Фазлетдинов, Фазлитдинов, — что связано с разным произношением гласных в диалектах, но все они восходят к одному корню.

Самый ранний пласт бытования фамилии — территории современного Татарстана и Башкортостана, а также Оренбургской области. Многие Фазлутдиновы — потомки служилых татар или мулл, которые передавали имя из поколения в поколение, поэтому в некоторых семьях оно могло повторяться как родовое. Сегодня фамилия нередко встречается среди татарской интеллигенции, врачей, учителей, что косвенно подтверждает её историческую связь с образованными слоями общества.

Если говорить об однокоренных фамилиях, то стоит упомянуть Фазлыев и Фазлиев, которые образованы от краткой формы того же имени. Это помогает увидеть, как одно имя дало целое гнездо фамилий с разными суффиксами. Впрочем, для самой фамилии Фазлутдинов более характерна именно полная форма имени в основе, что делает её несколько более «книжной» и торжественной по звучанию.