Фамилия Федоненков — редкий пример того, как одна и та же модель словообразования даёт на выходе совершенно разную географию. На слух она звучит как типично украинская или белорусская: суффикс -енк- (как у Петренко, Шевченко) указывает на «малого» — сына или ученика. Но окончание -ов выдаёт, что фамилию русифицировали: на русской почве украинское прозвище Федоненко превратили в Федоненков, добавив стандартный русский патронимический суффикс. Такое часто происходило при переписях в XIX веке, когда выходцев с юга записывали на северный лад.

Основа фамилии — Федоня. Это просторечная, уменьшительно-ласкательная форма канонического имени Феодор (современное Фёдор). Имя греческое, означает «дар Божий». В украинской и южнорусской традиции Фёдор превращался во множество вариантов: Федько, Федул, Федот, а Федоня — как раз один из таких «домашних» вариантов, характерный для говоров, где звук [о] в безударном положении не редуцировался. Получается цепочка: Федоня → Федоненко («сын Федони») → Федоненков («сын Федоненко»).

Интересно, что фамилия почти не встречается в центральной России. Основной ареал — Брянская, Смоленская области и приграничные районы Беларуси. Это территория, где веками смешивались русские, белорусские и украинские говоры, и фамилии с двойной суффиксацией (украинский -енко + русский -ов) там обычное дело. Встречаются также варианты Федоненко (без русификации) и Федоненковский — но последний уже явно дворянский, от названия имения.

Споров вокруг происхождения нет: все лингвисты сходятся на том, что Федоненков — типичный пример «миграционной» фамилии. Её носители, скорее всего, не были ни боярами, ни крепостными в традиционном смысле: это государственные или помещичьи крестьяне, переселившиеся с юго-запада на север в ходе освоения земель или после войн. Точно сказать, кем был первый Федоненков — земледельцем или ремесленником, — невозможно: имя Фёдор было настолько распространено, что прозвище Федоня не несло никакой профессиональной окраски.