Федоненкова — женская форма фамилии, образованная по стандартной русской модели: от мужской Федоненков через прибавление окончания -а. Мужской вариант, в свою очередь, строится по схеме «основа + суффикс -енк(ов)». Эта модель характерна для восточноукраинских и южнорусских земель, где суффикс -енко (уменьшительно-патронимический) со временем оброс русским окончанием -ов, превратившись в двойную фамильную примету.

Основа здесь — имя Федон. Это неканоническая, разговорная форма крестильного имени Феодор (от греч. Theodoros — «дар Божий»). В народном произношении «Фёдор» дало множество уменьшительных вариантов: Федя, Федюня, Федоня. Федон — как раз такая обиходная форма, вроде «Федоня», но без смягчения на конце. Суффикс -енк(ов) указывает на принадлежность: буквально «Федоненков» — «сын Федона» или «потомок Федона».

Географически фамилия Федоненков (и Федоненкова) тяготеет к зоне, где пересекаются русское и украинское влияние: прежде всего Брянская, Курская, Белгородская области, а также восток Украины. В этих краях фамилии на -енков встречаются часто как гибридная форма: украинский патроним с русским суффинксом. Если предки носили такую фамилию, они с большой вероятностью были крестьянами или однодворцами — людьми, которые получили фамилию по имени отца, а не по ремеслу или месту жительства.

Редкость фамилии в том, что основа Федон встречается реже, чем привычные Федин, Федотов или Федосеев. Это говорит о том, что прозвище или домашнее имя «Федон» закрепилось в конкретной семье, не став массовым. По сути, Федоненкова — свидетельство того, что где-то в XVII–XVIII веках жил человек, которого в быту звали Федон (а не Федя), и его дети пошли по отцу: чьи? — Федоненковы.