Фамилия Федухины образована от личного имени Федуха — так на Руси в просторечии называли человека, носившего имя Фёдор. Само имя Фёдор пришло из древнегреческого языка, где Theodoros означало «дар богов». Если разобрать его на части, то theos — это «бог», а doron — «дар». Такое имя было широко распространено среди всех сословий, поэтому и производных от него форм в народе бытовало множество: Федя, Федюк, Федос, Федул и, конечно, Федуха.

Впрочем, у фамилии есть и вторая, менее очевидная версия происхождения. Именование Федуха могло восходить не к Фёдору, а к редкому имени Феодох, которое в переводе с греческого означает «принятый Богом». Это имя встречалось на Руси значительно реже, но полностью исключать его нельзя: в народной среде конечное «-ох» легко переходило в «-ух», и Феодох вполне мог превратиться в Федуху. Правдоподобнее, однако, выглядит связь с Фёдором — уж слишком массовым было это имя, чтобы от него не возникло десятков уменьшительных форм.

Суффикс «-ин» в фамилии указывает на принадлежность: Федухин буквально означает «сын Федухи», то есть потомок человека, которого звали Федухой. Такая модель образования фамилий была одной из самых распространённых в центральной России и на севере, где от имён и прозвищ, оканчивающихся на согласный или на «-а», чаще образовывали притяжательные прилагательные именно с «-ин», а не с «-ов».

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, с XV по XVII век, и в разных регионах шёл неравномерно. Федухины могли появиться независимо в разных уголках страны — везде, где жили люди с именем Федуха. Сейчас фамилия встречается в основном в центральных областях России и в Поволжье, но без глубокого генеалогического исследования точную географию предков не установить.

Фамилия Федухин — живой памятник славянской письменности и культуры, сохранивший в себе ту просторечную форму имени, которая в наши дни почти вышла из употребления. Она напоминает о том, как гибко и разнообразно русский язык перекраивал церковные имена на свой лад, делая их близкими и домашними.