Основой фамилии Федухин послужило имя Федуха. Имя Федуха является просторечной формой имени Федор, которое в свою очередь образовано от древнегреческого Theodoros – «дар богов». Не исключено, что именование Федуха восходит к имени Феодох, которое в переводе с греческого означает «принятый Богом». Это мя встречалось довольно редко на Руси. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Федуха, со временем получил фамилию Федухин.