Фамилия Филимонкин образована от имени Филимонка — уменьшительной формы крестильного имени Филимон. Это имя греческого происхождения (philema — «поцелуй»), и в святцах оно связано с апостолом Филимоном, одним из семидесяти учеников Христа. В русской традиции Филимонка — типичный ласкательный вариант, который в быту заменил полное имя: так могли звать ребёнка, взрослого в семье или соседа.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность. Филимонкин буквально значит «чей? — сын Филимонки». Это патронимическая фамилия, то есть образованная от имени отца. Если у Филимонки рождались дети, их в переписях записывали как «Филимонкины дети», а позднее закрепилась фамилия Филимонкины. Со временем форма «Филимонкин» стала стандартной для мужской линии.

Интересно, что в отличие от фамилий на -ов (Филимонов), которые тоже восходят к полному имени Филимон, форма на -ин встречается реже. Она характерна для северных и центральных губерний России, где в XVI–XVII веках активно использовали уменьшительные имена в качестве основы для фамилий. Встречается Филимонкин в основном в Поволжье и на Урале — в архивах Пермской и Вятской губерний такие записи попадаются с XVIII века.

Имени Филимон в русском языке сопутствовали и другие уменьшительные варианты: Филимоша, Филя, Фимка. От них пошли фамилии Филимонов, Филимошин, Филин, Фимкин. Филимонкин стоит в этом ряду особняком — как указание на конкретную ветвь рода, где в основе лежала именно форма Филимонка. Это может говорить о том, что предок носителя фамилии был не просто Филимоном, а именно Филимонкой — возможно, младшим в семье или человеком невысокого роста.

Сословно фамилия не элитарная: такие патронимы на -ин чаще всего носили крестьяне и посадские люди. Дворянские роды с окончанием -ин встречаются, но реже, и обычно их основа — не уменьшительное имя, а прозвище. Филимонкин — фамилия «человеческая», без аристократического налёта, что делает её типичной для русского севера и крестьянского быта.