Основой фамилии Филимонцева послужило именование Филимонец. Фамилия Филимонцева образована от именования Филимонец, которое восходит к церковному мужскому имени Филимон. Само именование Филимонец является отчеством, то есть Филимонец «маленький Филимон», сын Филимона. Покровителем имени Филимон считается святой мученик Филимон, который в числе других девяти мучеников обличал язычников и проповедовал веру Христову, за что был подвержен мучениям. Вероятно, основатель рода Филимонцевых был выходцем из простого сословия, имела в основном социальная верхушка, знать, или семьи, пользовавшиеся в данной местности большим авторитетом, представителей которых соседи уважительно звали полным именем, в отличие от других сословий, звавшихся, как правило, уменьшительными, производными, обиходными именами. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Филдимонец, со временем получил фамилию Филимонцева.