Фамилия Филипеко — один из тех случаев, когда написание сильно отстаёт от произношения. По сути, это украинская или южнорусская версия фамилии Филипенко. Суффикс -енко (в безударном положении часто редуцируемый до -еко) — классический признак украинской антропонимии, означающий «маленький», «сын» или «потомок». То есть Филипеко — это «сын Филипа» (Филиппа).

Основа здесь — крестильное имя Филипп (от греческого «любитель лошадей»). В народной речи, особенно на юге России и в Украине, имя часто упрощали до Филип или Филипей, а отчество или патроним образовывали через -енко. Вариант Филипеко мог закрепиться в документах в результате того, что писарь записывал фамилию на слух, не задумываясь о «правильной» форме с буквой «н».

Географически фамилия тяготеет к южным областям России и восточной Украине. Встречается она реже, чем Филипенко, что делает её именно локальным, диалектным вариантом. Сословного барьера у фамилии не было: -енко в XVII–XIX веках носили и казаки, и крестьяне, и мещане. Предки носителя фамилии Филипеко, скорее всего, были выходцами из казацкой среды или крестьянского сословия, а фамилия закрепилась за ними как отчество от отца по имени Филипп.