Фамилия Филипенкко — редкий случай, когда написание сразу бросается в глаза и задаёт тон всему разговору. Двойное «к» в суффиксе -енкко — не опечатка и не случайность, а, скорее всего, следствие украинской или белорусской фонетики, где на письме могли передавать долгий согласный звук. В классической восточнославянской модели фамилий на -енко (самой распространённой на Украине) двойное «к» почти не встречается, но в отдельных местностях, особенно на западе Украины и в Беларуси, такое удвоение фиксируется как диалектная черта. То есть перед нами не ошибка, а региональный вариант.

Основа фамилии — имя Филипп, которое пришло в русский язык из греческого (Philippos, «любящий коней»). В народной среде имя обросло уменьшительными формами: Филип, Филипка, Филипеня. От последней и пошла фамилия Филипенко — буквально «сын Филиппа» или «потомок Филиппа». Суффикс -енко в украинской ономастике выполнял роль отчества или указания на принадлежность к роду, примерно как русское -ович или -ев. Филипенкко — тот же патроним, но с графическим усилением на конце.

По сословной принадлежности носители фамилии в XIX веке чаще всего были крестьянами или казаками. На Украине фамилии на -енко встречались повсеместно у всех слоёв, но особенно густо — среди сельского населения и реестрового казачества. Если ваш предок носил фамилию Филипенкко, он мог жить в Черниговской, Полтавской или Киевской губернии, где такие формы фиксировались. Двойное «к» могло закрепиться при записи в метрические книги псаломщиком, который на слух передавал местное произношение.

Сравните с однокоренными: Филиппов — русская форма с суффиксом -ов, Филипенко — украинская норма, Филипенкко — её редкий фонетический вариант. Встречается ещё форма Филипенков (с русским суффиксом -ов, наложенным на украинскую основу), но это уже гибрид. Если вы ищете именно Филипенкко, то, скорее всего, имеете дело с фамилией, сохранившей локальную особенность письма, которая не стёрлась при унификации документов в советское время.