Фамилия Филюков образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Филюков послужило церковное имя Филипп. Мужское крестильное имя Филипп в переводе с древнегреческого означает «любитель лошадей». В основу фамилии легла производная форма имени – Филя. Возможно также, что Филя – это производная форма одного из мужских крестильных имен: Филимон (греческое, «любимый»), Филарет (греческое, «любящий добродетель»), Феофил (греческое, «любимец Бога») или Памфил (греческое, «всеми любимый»). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Филя, со временем получил фамилию Филюков. О точном месте и времени возникновения фамилии Филюков в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Филюков представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.