Фамилия Филюкова отвечает на вопрос «чей?» и образована от личного имени или прозвища Филя. В основе, скорее всего, лежит сокращённая форма распространённого крестильного имени Филипп, которое в переводе с древнегреческого означает «любитель лошадей». Однако Филя — имя универсальное: так на Руси могли звать и Филимона («любимый»), и Филарета («любящий добродетель»), и Феофила («любимец Бога»), и даже Памфила («всеми любимый»). Поэтому точно сказать, какое полное имя носил первый Филя, невозможно — все версии имеют право на существование, хотя имя Филипп встречалось чаще других.

Сам суффикс -ов в фамилии указывает на притяжательность: Филюков буквально означает «сын, потомок Филюка». А вот форма Филюк — это уже не просто Филя, а уменьшительно-ласкательное или, возможно, фамильярное образование с дополнительным суффиксом -юк, характерным для юго-западных русских говоров и украинского влияния. Такая цепочка «Филя → Филюк → Филюков» встречается реже, чем просто «Филя → Филяев» или «Филин», и это делает фамилию заметной среди однокоренных.

Скорее всего, основатель рода Филюковых был человеком из простого сословия: крестьянские и посадские семьи часто получали фамилии именно от обиходных, «домашних» форм имён, а не от полных. В документах XVII–XVIII веков крестьянина могли записать как Филюка, и уже его дети становились Филюковыми. Дворянские роды с такой фамилией не известны, что косвенно подтверждает народное происхождение.

Интересно, что фамилия Филюков встречается и в мужском, и в женском варианте (Филюкова), и в обоих случаях ударение обычно падает на второй слог — Филюко́в. В некоторых регионах, особенно на юге России и в Поволжье, фамилия бытует в форме Филюко́в с тем же ударением, но изредка можно услышать и Филю́ков — это уже следствие местных говоров. Однокоренные фамилии — Филютин, Филюшин, Филюхин — образованы от тех же уменьшительных форм, но с другими суффиксами, что показывает, насколько гибкой была народная традиция имяобразования.