Мужское крестильное имя Филипп в переводе с древнегреческого означает «любитель лошадей». В основу фамилии легла производная форма имени – Филя. Возможно также, что Филя – это производная форма одного из мужских крестильных имен: Филимон (греческое, «любимый»), Филарет (греческое, «любящий добродетель»), Феофил (греческое, «любимец Бога») или Памфил (греческое, «всеми любимый»). Скорее всего, основатель рода Филюковых был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Филя, со временем получил фамилию Филюков.