Фамилия Филюкин образована от имени или прозвища Филюка. В основе лежит каноническое мужское имя Филипп (от древнегреческого «любящий коней»). В народной речи имя Филипп сокращалось до Филя, а от него через суффикс -ук/-юк появилась уменьшительно-ласкательная форма Филюк. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «сын Филюки» или «из семьи Филюкиных».

Модель образования фамилии — одна из самых распространённых в северных и центральных областях России. Суффикс -ин обычно присоединялся к основам на -а/-я (Филюка → Филюкин). Это типичный «домашний» вариант фамилии, который закреплялся в крестьянской среде, где человека чаще называли не полным именем, а его обиходным вариантом. Поэтому предки Филюкиных с высокой вероятностью были крестьянами или посадскими людьми.

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «филюка» могло быть не только производным от Филиппа, но и прозвищем. В диалектах русского языка «филя» иногда означало простака, разиню — человека нерасторопного. Однако эта версия менее вероятна: прозвища с таким значением обычно давали по яркому недостатку, а Филюк — скорее ласкательное имя для ребёнка.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Филин, Филькин, Филиппов, Филюшин) показывает, что Филюкин — один из вариантов на юго-западной модели (с суффиксом -ук), что может указывать на происхождение рода из районов, граничащих с Белоруссией или смоленских земель. Там форма Филюк встречалась чаще, чем в центральной России.

Фамилия редкая, в больших городах почти не встречается, но сохранилась в сельской местности Псковской, Смоленской и Тверской областей. Известных носителей с широкой известностью нет, что неудивительно для фамилии, закрепившейся в крестьянском сословии без перехода в дворянские или купеческие роды.