Фамилия Филиновы происходит от прозвища или мирского имени Филин, которое в старину давали человеку по разным причинам. Самое прямое объяснение — связь с ночной птицей, большой ушастой совой. Прозвище Филин могли закрепить за тем, кто не спал по ночам, бодрствовал, пока другие отдыхали, или же за человеком с крупными, широко раскрытыми глазами и настороженным взглядом.

Однако у этого прозвища была и другая, менее очевидная сторона. В народной среде слово «филин» или уменьшительное «филя» нередко становилось синонимом простака, разини, человека несообразительного и медлительного. Так могли в шутку называть того, кто часто терялся в разговоре или действовал неловко. В этом случае фамилия закрепила за родом не птичью черту, а бытовую насмешку, которая со временем утратила обидный оттенок и превратилась в обычное родовое имя.

Существует и третья версия, связанная с крестильными именами. Форма Филя служила уменьшительной для целого ряда имен: Филипп, Филимон, Филарет, Феофил, Памфил. Все они восходят к греческому корню phileo, что значит «любить». В этом случае Филин — не прозвище, а домашняя форма имени, которая позже оформилась в фамилию по обычной русской модели: сын Филю — Филинов. Эта гипотеза правдоподобна, потому что имя Филя было очень распространено в быту, и от него образовались многие однокоренные фамилии, например Филин, Филинский, Филяев.

Фамилия построена по классической модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: Филинов — сын Филина. Такая форма закрепилась в центральных русских областях и на севере, где отчества на -ов/-ев были основным способом образования фамилий. Точное место и время возникновения фамилии Филиновы установить сложно: фамилии в разных регионах складывались не одновременно, и процесс растянулся на несколько столетий. Но сама фамилия сохранила память о прозвище или имени, которое бытовало в крестьянской и посадской среде, и потому остается живым памятником русской ономастики.