Фамилия Филюстин — редкий случай, когда на первый взгляд очевидная основа ставит больше вопросов, чем ответов. В ней отчетливо слышится имя Филя, уменьшительная форма от Филипп, но суффикс -ин указывает на притяжательное значение: «чей?» — Филюстин, то есть сын, потомок или человек Филюсти. Однако загвоздка в том, что промежуточная форма «Филюстя» не встречается ни в старых документах, ни в народных говорах. Это заставляет искать другое объяснение.

Скорее всего, перед нами результат цепочки словообразовательных изменений. Первичная основа — Филя, от которой образовали фамилию Филютин (с суффиксом -утин, как в фамилиях Пашутин, Вашутин). В русской ономастике суффикс -утин нередко присоединялся к основам на -л, давая формы вроде Филюта, а затем Филютин. Но в случае с Филюстиным произошло наложение: к основе Филюст- (от Филюс, Филюста — тоже возможные варианты от Филя) добавили -ин, либо сама фамилия возникла из прозвища Филюстя, которое могло означать человека с какой-то характерной чертой, например, медлительного или «филющего» — то есть плаксивого, капризного (от диалектного глагола «филюкать»).

Есть и более прозаичная версия: Филюстин — это искаженное написание фамилии Филистин, которая восходит к имени Филист (редкая форма от Филипп через Филя + -ист). В старых переписях, где писали на слух, «Филистин» легко превращалось в «Филюстин» под влиянием более привычного суффикса -юстин. Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России — Вологодчине, Костромской и Ярославской губерниям, где диалектное «филюкать» и формы с -юст- были в ходу.

Таким образом, носитель фамилии Филюстин с высокой вероятностью происходит от человека по имени Филипп, которого в быту звали Филя, а его потомки получили прозвище или фамилию через нестандартный суффикс. Альтернативный, но менее вероятный вариант — прозвище, связанное с плаксивым характером. В любом случае, фамилия не дворянская и не духовная: она явно крестьянская или мещанская, закрепившаяся в устной традиции и записанная так, как слышали писцы.