Фамилия Филюстина — редкий случай, когда женская форма закрепилась в качестве основной. В традиционной русской модели фамилии на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а/-я: Филюстин → Филюстина. Но в данном варианте перед нами, скорее всего, не «жена Филюстина», а самостоятельная фамилия, возникшая по той же модели, что и мужская. Основа здесь — Филюста, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Филюстин, то есть потомок или человек из рода Филюсты.

Имя Филюста — это разговорная, уменьшительно-ласкательная форма от канонического имени Филипп. В русской народной традиции полные имена часто сокращали до простых и удобных в быту: Филипп превращался в Филю, Фильку, а от них образовывали Филюста, Филюстин. Суффикс -уст(а) встречается в диалектных прозвищах и именах, он придаёт оттенок ласковости или, наоборот, фамильярности. Таким образом, Филюстина буквально означает «дочь или жена того, кого звали Филюстой», то есть маленького Филиппа.

Сам Филипп — имя греческого происхождения, означающее «любящий коней». В древности оно было распространено среди знати, но на Руси стало популярным у всех сословий, особенно после принятия христианства. Однако фамилия Филюстина не относится к дворянским или купеческим — её носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами. В документах XIX века подобные фамилии встречаются в центральных и северных губерниях России, где имя Филипп было особенно частым.

Спорных версий у этой фамилии немного. Можно предположить, что Филюста — не от Филиппа, а от редкого имени Филофей (греч. «боголюбивый»), но это менее вероятно: форма Филюста для Филофея нехарактерна, а для Филиппа — вполне естественна. Другой вариант — связь с диалектным словом «филюс» (хитрец, плут), но тогда фамилия звучала бы как Филюсов, а не Филюстин.

Сегодня фамилия Филюстина встречается редко, в основном в России и странах бывшего СССР. Её уникальность — в сохранении архаичной уменьшительной формы, которая почти вышла из употребления. Для носителя это прямое указание на предка по имени Филипп, которого в семье ласково называли Филюстой.