Фамилия Фиолектов — редкий случай, когда за основу взято не церковное имя, а его искажённая народная форма. В основе лежит крестильное имя Феоктист (в переводе с греческого «созданный Богом»). В просторечии имя упрощалось: звукосочетание «кт» звучало непривычно, и его заменяли на более лёгкое «лк» или «лкт». Так Феоктист превращался в Фиоктиста, а затем и в Фиолекта. От этой обиходной формы через стандартный патронимический суффикс -ов и возникла фамилия Фиолектов.

Словообразовательная модель типична для русского XVI–XVII века: от неканонической, уличной версии имени образовывали фамилию, которая закреплялась за потомками. В отличие от фамилий на -ин, образованных от основ на -а/-я, Фиолектов следует продуктивной модели с суффиксами -ов/-ев для мужских имён. Интересно, что «правильная» книжная форма той же основы дала фамилию Феоктистов, которая встречается гораздо чаще. Фиолектов — её народный, «опрощенный» вариант, который мог закрепиться в среде, где грамотность была невысока, а имя записывали на слух.

Социально носители фамилии относились в основном к крестьянству и мещанству. В дворянских родословных эта фамилия не зафиксирована, что косвенно подтверждает её происхождение из простонародной среды. Встречается она преимущественно в центральных и северных губерниях России — там, где имя Феоктист было в ходу у старообрядцев и сельского духовенства. В переписных книгах XVII–XVIII века можно найти варианты написания: Филектов, Фиолектов, Фиоктистов — все они отражают один и тот же процесс адаптации греческого имени русским языком.

Споров о происхождении почти нет: версия с греческим Феоктистом — единственная убедительная. Попытки связать фамилию с латинским viola (фиалка) или греческим «фиолетовый» лингвистически несостоятельны: суффикс -ов указывает на отчество, а не на цвет. Так что предок нынешних Фиолектовых — человек, которого в быту звали Фиолектом, то есть Феоктистом «на деревенский лад».