Фамилия Фисакова — женская форма, а её мужской вариант, Фисаков, образован с помощью стандартного русского суффикса -ов, указывающего на принадлежность («чей?»). Значит, в основе лежит прозвище или нецерковное имя Фисак. Само слово «фисак» в русских говорах — редкое. В словарях диалектной лексики оно встречается в значении «хитрый, изворотливый человек» или «пройдоха». Есть и другое, более конкретное значение — так могли назвать мелкого торговца, перекупщика, который «фисает» (суетится, торгуется, обманывает при продаже). Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, получил прозвище за свой характер или род занятий: либо он был себе на уме, либо промышлял мелкой торговлей.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским именем Фиса (или Фисай), которое через суффикс -ак (уменьшительно-ласкательный или прозвищный) дало форму Фисак. В этом случае фамилия восходит к личному имени, а не к прозвищу. Однако учитывая, что фамилия Фисаков/Фисакова нечастотна и сосредоточена в центральных и южных регионах России (где диалектное слово «фисак» фиксируется), версия с прозвищем выглядит убедительнее.

Суффикс -ак в русских фамилиях обычно указывает на признак по действию или качеству (ср. Рыжак, Гуляк, Кривляк). Здесь он выполняет ту же роль: превращает глагол или существительное в характеристику человека. Фамилия Фисакова — недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, возникла в среде, где прозвища давали цепко и метко. Сейчас она встречается редко, что делает её любопытным примером живой диалектной основы, сохранившейся в фамильном имени.