Фамилия Флигентова — женская форма от Флигентов, и это редкий случай, когда основа фамилии вызывает больше вопросов, чем ответов. Сразу бросается в глаза необычное сочетание звуков: «флигент» не похоже ни на типичное русское слово, ни на распространённое имя. Скорее всего, перед нами фамилия искусственного или семинарского происхождения, то есть образованная в среде духовенства.

В XVIII–XIX веках в семинариях будущим священникам часто меняли бытовые, «простонародные» фамилии на более благозвучные, книжные, часто с латинскими или греческими корнями. Латинское слово «frigens» (родительный падеж «frigentis») означает «холодный, стынущий, остывающий». От него вполне могли образовать фамилию Флигентов (с типичным русским суффиксом -ов) — как символ хладнокровия, сдержанности или даже отсылку к латинской поговорке. В пользу этой версии говорит и то, что суффикс -ов здесь присоединяется к основе, звучащей как латинское причастие, что характерно для семинарских фамилий.

Менее вероятна, но не исключена связь с немецким языком. Если предок носителя фамилии был выходцем из немецких колонистов, основой могло стать немецкое слово «fliegen» (летать) или прозвище «Fliegent» (летун, непоседа). Однако в таком случае фамилия скорее сохранила бы немецкое окончание (например, Флигент) или получила бы суффиксацию по русской модели не так прямолинейно. Семинарская версия выглядит предпочтительнее, так как она объясняет и необычную основу, и её дальнейшее оформление.

Фамилия Флигентова очень редкая. Она не встречается в массовых списках крестьянских или купеческих родов. Поиск по современным базам данных показывает единичные случаи в центральной России и Поволжье — регионах, где исторически было много духовных училищ. Носительницы этой фамилии, скорее всего, потомки священников или дьячков, получивших «говорящую» фамилию в стенах семинарии.