Основой фамилии Флегентова послужило церковное имя Флегонт. Фамилия Флегентова образована от имени Флегонт, которое в переводе с латинского означает «горящий, ревностный». В православный именник оно вошло благодаря апостолу Флегонту, день памяти которого отмечается 17 января и 21 апреля. Чередование гласных о/е объясняется историческими изменениями. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Флегонт, со временем получил фамилию Флегентова.