Фамилия Флегонтов образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Флегонтов послужило церковное имя Флегонт. Фамилия Флегонтов образована от крестильного имени Флегонт. Оно восходит к греческому слову «флегон», которое переводится на русский как «горящий, ревностный». Покровителем имени является апостол Флегонт. Церковное предание сообщает, что он был обращен в христианство апостолом Павлом и был поставлен епископом Марафона Фригийского где и принял мученическую смерть. В православной церкви память Флегонта совершается 21 апреля и 17 января. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Флегонт, со временем получил фамилию Флегонтов. О точном месте и времени возникновения фамилии Флегонтов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Флегонтов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.