Фамилия Флегонтов — редкий пример русской фамилии, образованной от полной формы крестильного имени, а не от его уменьшительного варианта. Большинство русских фамилий на -ов возникло из обиходных форм (Иванов от Ивашка, Петров от Петрушка), но здесь основа — само церковное имя Флегонт, без сокращений. Это сразу говорит о том, что фамилия либо ранняя, либо принадлежала человеку книжной, грамотной среды, где имя употребляли в его полном виде.

Имя Флегонт восходит к греческому «флегон» — «горящий, ревностный». Смысл прозрачен: так нарекали в честь апостола от семидесяти Флегонта, которого, по церковному преданию, обратил в христианство сам апостол Павел. Флегонт стал епископом Марафона Фригийского и принял мученическую смерть за веру. Память его в православном календаре — 17 января и 21 апреля, и в эти дни в старину праздновали именины все носители имени.

Суффикс -ов в фамилии Флегонтов указывает на типичную притяжательную модель: «сын Флегонта». Такая форма закрепилась в XV–XVII веках, когда русские фамилии только складывались. Но сам выбор полного имени в основе — редкость: в документах того времени чаще встречаются Флегонтовы от уменьшительных Флегонтка или Флегонов. Поэтому фамилию Флегонтов можно считать более «книжной» по происхождению, чем её однокоренные аналоги.

Судьба фамилии в XX веке прослеживается по мемуарным и архивным записям. В Книге памяти Московской области значится социалист-революционер Флегонтов Антон Матвеевич (род. 1889). В Книге памяти Приморского края — художник-кустарь Борис Александрович Флегонтов из Москвы (род. 1898). В Книге памяти Нижегородской области — рихтовщик завода №92 Константин Александрович Флегонтов (род. 1913), живший в Горьком. Эти записи показывают: фамилия не была привилегией одного сословия — её носили и революционеры, и рабочие, и люди искусства.

Самый известный носитель — Алексей Кандиевич Флегонтов (1888–1943), генерал-майор. Он руководил партизанским движением в Гражданскую войну на Дальнем Востоке, а в годы Великой Отечественной — в Подмосковье и Белоруссии. Его биография — редкий случай, когда человек с такой редкой фамилией оставил след в военной истории.

Отчество Кандиевич у Алексея Флегонтова — отдельная деталь: имя Кандий тоже греческое и тоже редкое, что подтверждает: семья держалась старых церковных традиций именования. Так что фамилия Флегонтов — не просто метка рода, а указатель на культурный слой: люди, которые веками носили полные календарные имена и передавали их детям без искажений.