Фамилия Флигиль образована от аналогичного прозвища, которое имеет немецкие корни. По одной из версий, это прозвище восходит к глаголу fliegen - «летать, стремительно нестись». Исходя из этого, можно предположить, что основатель рода Флигиль был проворным, возможно, торопливым человеком, быстро ходил или бегал. Согласно другой гипотезе, в основе этого прозвища лежит слово Fliege - «муха», «мушка (у охотничьего ружья)». В таком случае прозвище Флигиль мог получить человек, чем-либо напоминавший муху (например, назойливый или невысокий) либо меткий стрелок, охотник. Компонент -иль в данном случае представляет собой вариацию немецко-идишского суффикса -ель.