Фамилия Фонченко — один из тех случаев, когда на слух она звучит почти как иностранная, а по факту образована по чисто русской (точнее, украинской) модели. Перед нами типичная восточнославянская фамилия на -енко, что сразу указывает на её украинское или южнорусское происхождение. Суффикс -енко в XVII–XVIII веках активно использовался для обозначения потомка или малолетнего: «чей сын?» — Фонченко, то есть сын или человек Фоньки.

Основа здесь — Фонька. Это уменьшительная форма от редкого крестильного имени Афоня (Афанасий) или, что чуть менее вероятно, от Фофан (Феофан). Афанасий — имя греческого происхождения, означает «бессмертный». В быту Афанасия звали Афоней, Афонькой, а в говорах, где «ф» звучало неустойчиво или заменялось на «хв», могло возникнуть и Фоня. Есть и другая версия: Фонька — это прозвище. В некоторых диалектах «фоня» или «фонька» означало простака, разиню, нерасторопного человека. Слово это, скорее всего, звукоподражательное или заимствованное из просторечия.

С географией фамилии всё прозрачно. По данным переписей и телефонных справочников, Фонченко — фамилия, распространённая на юге России и в восточной Украине: в Ростовской области, Краснодарском крае, в Днепропетровской и Харьковской областях. Это зона активного бытования фамилий на -енко.

Таким образом, предок современных Фонченко был либо сыном Афанасия (Афоньки), либо получил прозвище за медлительность или простодушие. Никакого отношения к немецкому «фон» (дворянская приставка) фамилия не имеет — это случайное звуковое совпадение, которое вводит в заблуждение только на слух.