Фамилия Фондаренко — редкий случай, когда внешне «украинский» суффикс скрывает заимствованную основу, а не славянское прозвище. Если сразу отсечь очевидное: это не вариант фамилии Фондаренко от слова «фонд» или «фундамент». Основа здесь — немецкое или еврейское имя Фондер, которое в русской и украинской среде переделали в фамилию по продуктивной модели на -енко.

Суффикс -енко типичен для восточной Украины и исторически означал «маленький» или «сын» (как и русское -ович). То есть Фондаренко — «сын Фондера». А вот Фондер — это искажение от немецкого фамильного имени von der (например, von der Heide — «с вересковой пустоши») либо от еврейского Фондер (вариант фамилии Фондер, от местечка Фондер в Беларуси или от идишского «фунд» — «дно»). В любом случае, носитель фамилии — потомок человека с нерусскими корнями, который обрусел и получил типично украинский фамильный суффикс.

Географически фамилия Фондаренко встречается в основном на юге Украины и в прилегающих областях России (Ростовская область, Краснодарский край). Это объясняется историей: в XIX веке немецкие колонисты и еврейские ремесленники оседали в Новороссии, и их фамилии адаптировались к местной ономастике. В отличие от массовых Коваленко или Шевченко, Фондаренко — штучная фамилия, её носители не образуют больших кланов.

Словообразовательный нюанс: в украинском языке суффикс -енко обычно крепится к славянским основам (Петренко, Гриценко). Здесь же основа явно иноязычная, что выдаёт позднее происхождение — скорее всего, вторая половина XIX века, когда украинская фамильная модель стала универсальной для всех сословий. Фактически, Фондаренко — это «обукраиненная» немецкая или еврейская фамилия, и в этом её главное отличие от соседних по звучанию фамилий вроде Фонда (итальянская) или Фондарёв (русская, от диалектного «фондарить» — болтать).