Фамилия Фондаратов — редкая и неочевидная, её разбор требует внимания к деталям. Первое, что бросается в глаза, — нестандартный суффикс -атов. В русских фамилиях он встречается реже, чем -ов или -ев, и обычно указывает на основу, оканчивающуюся на -ат: например, Пальчиков от пальчик, а Пальчатов от пальчатый. То есть Фондаратов могло быть образовано от прилагательного *фондаратый — обладающий каким-то признаком, связанным со словом «фондара».

Что же такое «фондара»? Скорее всего, это диалектное или искажённое название предмета или профессии. В русских говорах есть слово «фундара» — так в некоторых местах называли матерчатую или кожаную сумку, котомку, которую носили через плечо. Происходит оно от немецкого «Futteral» (футляр) или от тюркских языков. Если основа «фондара» — это сумка, то Фондаратов мог означать «сын того, кто делает сумки» или просто «человек с сумкой», то есть прозвище, данное торговцу, страннику или ремесленнику.

Вторая версия — топонимическая. Фамилия могла возникнуть от названия населённого пункта вроде Фондары или Фондаровка. Такие названия встречаются в западных регионах бывшей Российской империи, особенно на территории современной Беларуси и Украины, где было много местечек с польскими или немецкими корнями. Тогда Фондаратов — это «выходец из Фондар».

Третий вариант — искусственное происхождение. В семинарской среде фамилии нередко придумывали на латинский или греческий манер. «Фондара» могло быть переделкой латинского «fundus» (дно, основание) или «fons, fontis» (источник). В таком случае Фондаратов — это калька фамилии вроде Ключевский или Источников, данная ученику духовного училища.

Склонять фамилию нужно по мужскому роду: Иван Фондаратов, Ивана Фондаратова, к Ивану Фондаратову. Женская форма не склоняется: Анна Фондаратов, с Анной Фондаратов. Ударение, скорее всего, на второй слог: Фондаратов (а не Фондарáтов), хотя в быту возможны варианты.

Точных данных о дворянстве или сословной принадлежности носителей нет — фамилия слишком редкая, чтобы делать обобщения. Но по модели образования (суффикс -атов) она могла принадлежать как крестьянам, так и мещанам или духовенству. Основная загадка — в корне, и решить её можно только через семейные предания или запись в метрической книге.