Фамилия Фондуков хранит в себе загадку прозвища, от которого она произошла. Её основа — личное прозвище Фондук, а суффикс -ов указывает на типичную для русских фамилий модель «сын такого-то». Проще говоря, Фондуков — это потомок человека по прозвищу Фондук.

Самая правдоподобная версия связывает прозвище с диалектным словом «фондук» — так в некоторых говорах называли фундук, то есть орешник или лещину особого вида. Если предок носил такое прозвище, он, скорее всего, промышлял сбором орехов на продажу. В старину прозвища часто давали по роду занятий, поэтому «ореховый» промысел — вполне реальная основа для такой фамилии.

Есть и другая, менее бытовая гипотеза. Она возводит прозвище к французскому слову «фонд» — в значении «капиталы, финансы, основной источник». В этом случае Фондуком могли прозвать казначея или человека, ведавшего деньгами. Такое прозвище звучало бы уважительно, подчёркивая связь с денежными делами.

Существует и третья версия, но она наименее вероятна: связь с названием золотой монеты Османской империи и Египта — фондук. Вряд ли прозвище дали по редкой иностранной монете, хотя полностью исключать этого нельзя — купцы и путешественники могли привозить такие диковинки на Русь.

Как бы то ни было, фамилия Фондуков закрепилась за потомками человека, которого окружающие знали под прозвищем Фондук. Со временем прозвище перестало быть описательным и превратилось в родовое имя, которое мы встречаем сегодня.