Фамилия Фонда — редкий случай в русском ономастиконе. Она не вписывается в привычные модели русских фамилий на -ов, -ин или -ский. Её происхождение почти наверняка связано не с русским языком, а с итальянским или, реже, французским. В Италии слово «fonda» означает «трактир», «постоялый двор» или «основание». В средневековой Италии так называли не просто харчевню, а место, где путник мог найти ночлег и еду, — что-то вроде гостиницы. Прозвище Fondatore («основатель») или Fonda мог получить либо владелец такого заведения, либо человек, который основал поселение или род.

Вторая версия, менее вероятная, отсылает к французскому «fond» — «дно», «глубина». В этом случае прозвище могло достаться человеку, жившему в низине, или, что реже, рыбаку, промышлявшему на глубоких местах. Но для французской фамилии форма «Fonda» нетипична, чаще встречается «Fond» или «Fonds».

В России фамилия Фонда — явление позднее и штучное. Она могла появиться у обрусевших потомков итальянских архитекторов, художников или купцов, работавших в Российской империи в XVIII–XIX веках. Например, в Петербурге или Одессе. Или же это результат адаптации иностранной фамилии при записи в документы — упрощение более длинной итальянской фамилии вроде «Фондати» или «Фондато».

Словообразовательно фамилия стоит особняком: окончание на -а, нехарактерное для русских фамилий (за исключением украинских, где -а встречается чаще, но там был бы суффикс -енко или -ук). Поэтому Фонда — это фамилия-прозвище, застывшая в именительном падеже без русских суффиксов принадлежности. По сословной принадлежности её носители в России скорее всего относились к городским обывателям или дворянам иностранного происхождения. Географически фамилия встречается единично, в основном в крупных городах, и не образует гнёзд.