Фамилия Фондарко — редкая, и её происхождение неочевидно. Скорее всего, перед нами не русская, а украинская или белорусская фамилия, что выдают суффикс -ко и мягкая основа. В украинской и белорусской ономастике суффикс -ко — один из самых распространённых патронимических (отцовских) показателей, он заменяет великорусское -ов/-ев. Фондарко — это «сын Фондаря», то есть человека по прозвищу или профессии Фондарь.

Ключ к разгадке — в основе «фонд-». В украинских говорах слово «фонд» или «фонда» могло означать «основание», «закладка», но чаще всего в диалектах так называли человека прижимистого, запасливого, того, кто «делает запас» или «копит фонды». Есть и другая, более конкретная версия: «фондарь» — это мастер, занятый изготовлением или ремонтом фургонов, телег, саней (от немецкого «Fuhre» — повозка, подвода). В этом случае Фондарко — потомок тележника или каретника.

Менее вероятно, но возможно, что фамилия образована от имени собственного, например, от уменьшительной формы крестильного имени Афанасий (в народных вариантах — Фона, Фоня). Однако суффикс -арь (Фондарь) указывает скорее на деятеля по профессии, чем на простое имя.

Ареал фамилии — запад и юг Украины, а также южные области Беларуси. Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении, возможно, от одного конкретного рода мастеровых. В России фамилия практически не встречается, что подтверждает её нерусское, южнославянское или западнорусское происхождение. Таким образом, предки носителя фамилии Фондарко с высокой вероятностью были ремесленниками, связанными с изготовлением повозок или с плотницким делом.