Фамилия Фондова — женская форма фамилии Фондов, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именованием Фонд. В русской ономастике это редкий случай, когда основа фамилии не имеет очевидных славянских корней и не восходит к распространённым именам, ремёслам или географическим названиям. Скорее всего, в основе лежит слово «фонд» — в значении «запас, капитал, основание». Однако вряд ли предок носителя фамилии был банкиром или финансистом в современном смысле: в крестьянской и мещанской среде такие прозвища могли давать человеку запасливому, бережливому, который «копил добро» или содержал хозяйство в порядке, как некий «фонд».

Вероятно и другое объяснение: фамилия могла возникнуть в среде старообрядцев или духовенства, где слово «фонд» иногда использовалось в переносном смысле — как «основание веры», «твердыня». Но это лишь гипотеза, не подкреплённая массовыми примерами. Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий от прозвищ или мирских имён, так что Фондов — явление не единичное, но очень локальное.

Географически фамилия Фондов (и Фондова) встречается крайне редко. По данным современных телефонных справочников и баз населения, основные носители живут в центральных регионах России, в частности в Московской и Тверской областях, а также единично на Урале. Это говорит о том, что фамилия не получила широкого распространения и, скорее всего, возникла в одном или нескольких близких родах, а не разошлась по разным губерниям.

Интересно, что в дореволюционных метрических книгах фамилия Фондов почти не фиксируется — это указывает на её позднее оформление, возможно, уже в советское время, когда многие носители получили паспорта и фамилия закрепилась официально. Таким образом, Фондова — это фамилия-загадка: она звучит почти как иностранная, но построена по чисто русской модели, а её значение, скорее всего, связано с бытовой характеристикой человека, а не с деньгами и капиталами.