Фамилия Фондов — один из тех случаев, когда русское ухо слышит иностранное, а на деле всё оказывается родным и прозрачным. На первый взгляд кажется, что в основе лежит немецкое «фон» (von) — дворянская приставка, указывающая на происхождение. Но в русских фамилиях такая конструкция почти не встречается в чистом виде, а если и встречается, то пишется слитно и осмысляется иначе.

На самом деле фамилия Фондов образована от прозвища или мирского имени Фонд. В русских говорах слово «фонд» имело конкретное значение — так называли основной капитал, запас, а в переносном смысле — человека основательного, с достатком, «фундаментального». Суффикс -ов указывает на принадлежность: Фондов — «сын Фонда», «из рода Фонда». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ, а не от географических названий или профессий.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с немецкой фамилией Fond, которую могли русифицировать, добавив русское окончание. В таком случае предок носителя мог быть выходцем из немецких колонистов, которых в XVIII–XIX веках селили в Поволжье и на юге России. Однако в немецком языке слово «Fond» означает «основание», «фон» (как в живописи), и прозвищная семантика здесь слабее. Поэтому версия с чисто русским прозвищем выглядит убедительнее.

Фамилия редкая, нечастотная. Встречается в основном в центральных областях России и в Поволжье. Поскольку прозвище Фонд могло относиться к человеку зажиточному или надёжному, предки носителей фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами, которых так прозвали за хозяйственность и основательность. Дворянского происхождения у фамилии нет — несмотря на обманчивое звучание.

Ономастические словари (например, работы Б. Унбегауна) не выделяют фамилию Фондов в отдельную статью, но её словообразовательная модель полностью укладывается в правила русской антропонимии. Это именно тот случай, когда внешне «иностранная» фамилия оказывается исконной, а её значение — куда прозаичнее, чем можно было бы предположить.