Фамилия Фрейдер в первой версии восходит к средненемецкому нарицательному vröude, то есть «радость». Так могли прозвать добродушного и отзывчивого человека — того, кто сам был источником хорошего настроения для окружающих. Однако слово «радость» как основа прозвища встречается в немецкой ономастике реже, чем, например, названия профессий или черт характера, поэтому эта гипотеза правдоподобна, но не единственная.

Более устойчивая версия связывает фамилию с именем Фрейд. Оно выступает производной формой имени Фридрих, которое сложилось из двух германских основ: frid со значением «мир» и rīc, то есть «власть». Именование Фридрих трактуют как «правящий мирно» — имя было широко распространено в немецких землях, и его краткие формы дали начало множеству фамилий. Суффикс -ер в данном случае играет роль показателя принадлежности: в немецких и ашкеназских фамилиях он часто указывает на сына или потомка носителя исходного имени.

Не исключено и еврейское происхождение фамилии. У ашкеназских евреев имя Фрейд бытовало самостоятельно и восходило к идишскому существительному frid — «счастье». Это женское имя, популярное в традиционных еврейских общинах Восточной Европы, и от него образовывали фамилии по той же модели с компонентом -ер. Таким образом, Фрейдер мог означать «сын Фрейд» или «относящийся к Фрейд».

Какая из версий ближе к истине, сказать сложно. Немецкий корень со значением «радость» и идишский со значением «счастье» звучат похоже и могли смешиваться при переходе фамилии из одной языковой среды в другую. Сама фамилия встречается и в немецких, и в еврейских семьях, и без генеалогических данных конкретного рода определить единственный источник почти невозможно. Важно и то, что написание Freider или Freuder встречается в разных вариантах, что отражает фонетические особенности местных говоров и записи в документах.

В русскоязычной среде фамилия Фрейдер редкая и, как правило, указывает на предков из немецкоязычных или еврейских общин, переселившихся в Российскую империю или СССР в разные исторические периоды. Она сохранила свой исходный облик без русифицирующих суффиксов, что отличает её от множества адаптированных фамилий. Для носителя фамилии это своего рода маркер: её форма почти не изменилась за столетия, и в ней слышны сразу два значения — и «мир», и «радость», — которые в равной степени могли лечь в основу родового имени.