Фамилия Фролагин — один из тех случаев, когда за очевидным корнем скрывается неочевидный суффикс. В основе лежит имя Фрол, народная форма церковного имени Флор (от латинского flos — «цветок»). На Руси имя Фрол было распространено повсеместно, а день памяти святых Флора и Лавра на Руси считался «лошадиным праздником» — конским пастухам и крестьянам это имя было хорошо знакомо.

Но если бы фамилия образовалась стандартным способом, мы бы получили Фролов — самый частый вариант. Фролагин же стоит в стороне. Суффикс -агин — редкий и нестандартный. В русской ономастике он встречается в единичных фамилиях, чаще всего в тех, что образованы от прозвищ или диалектных форм. Скорее всего, основа здесь не просто имя Фрол, а его производная форма — Фролага. Это могло быть прозвище: в некоторых говорах суффикс -ага придавал слову грубоватый, просторечный оттенок (ср. «работяга», «бедняга»). Фролага — это «Фрол, да не простой, а со своим норовом», или же так могли прозвать человека, который постоянно поминал имя Фрол.

Вероятнее всего, фамилия сложилась в северных или центральных регионах России, где сохранялись архаичные словообразовательные модели. Встречаемость фамилии крайне низкая — это не массовая дворянская фамилия, а крестьянская или мещанская, возникшая в конкретной местности, возможно, в одной-двух деревнях. Потомки того самого Фролаги (или Фролаги) и стали Фролагиными.

Таким образом, фамилия Фролагин — не про «цветок» (Флор), а про живую народную речь. Она сохранила редкий суффикс, который режет слух, но именно он и делает фамилию уникальной: Фроловых тысячи, а Фролагиных — единицы.