Фамилия Фудюкин — редкая, но прозрачная по происхождению. Её основа — неканоническое имя или прозвище Фудюка, образованное по той же модели, что и Федюка от Фёдор или Митюка от Дмитрий. Суффикс -юк-/-юк- в русских говорах и украинском языке часто придаёт имени оттенок уменьшительности или фамильярности, а иногда и просто фиксирует разговорную форму. Получается, что Фудюка — это производное от какого-то более полного имени, и здесь начинается главная загадка.

Самая вероятная версия: Фудюка — народная форма крестильного имени Феодосий (греч. «богом данный») или, реже, Феодул («раб божий»). В русской диалектной речи начальное «Фео-» нередко стягивалось до «Фе-» или даже «Фю-», а суффикс -юк добавлял просторечный оттенок. Сравните: Федос → Федюка, и точно так же Феодосий → Фудюка. Фамилия Фудюкин образована по стандартной русской модели: основа Фудюк- + притяжательный суффикс -ин, то есть «чей?» — Фудюкин, буквально «сын Фудюки».

Менее убедительная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным словом «фудя» или «фудеть» — в некоторых говорах так называли ворчуна или нытика, а также человека, который говорит невнятно, «фудит». Однако эта гипотеза слабее: слово узколокальное и не образует устойчивого прозвищного гнезда, тогда как модель «Фудюка от Феодосий» типологически привычна для русской ономастики.

Географически фамилия Фудюкин тяготеет к центральным и северным регионам России — там, где суффикс -ин встречается чаще всего, а формы на -юка фиксировались в новгородских и вятских говорах. Встречаемость фамилии крайне низкая, что говорит о её локальном происхождении: скорее всего, она закрепилась в одном-двух сёлах и не получила широкого распространения.

По социальному составу Фудюкины — почти наверняка крестьянский род. Фамилии на -ин в основе с неканоническим именем — типичный признак простонародной среды, где человека в быту звали не полным церковным именем, а его уличным вариантом. Никаких дворянских корней или известных исторических деятелей с этой фамилией не зафиксировано, что только подтверждает её «земляной», бытовой характер.