Фамилия Фудины образована от личного прозвища Фудя, и это самый вероятный путь её появления. В основе лежит украинский глагол «фудити» — «бросать, швырять». Такое прозвище мог получить человек вспыльчивый, забияка или драчун, которого буквально «швыряло» от гнева. Однако есть и другая, не менее интересная версия: прозвище могло быть связано с родом занятий основателя рода — например, с работой, где что-то бросают или мечут.

Менее вероятно, хотя и не исключено, что фамилия имеет восточное происхождение. В китайской традиции её можно разложить на два компонента: Фу («благополучие, богатство») и Динь («вершина»), что вместе складывается в имя-пожелание. Также высказывались предположения о связи с арабскими именами Фуад («сердце») или Фади («спаситель»). Но эти гипотезы выглядят слабее: для русской фамилии естественнее опора на славянскую лексику, тем более что глагол «фудити» даёт прозрачную и живую мотивацию прозвища.

По суффиксальной модели фамилия относится к самому распространённому типу русских фамилий на -ин. Такой суффикс указывает на принадлежность: Фудин — это «сын Фуди», потомок человека по прозвищу Фудя. Подобным образом образованы тысячи русских фамилий от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а или -я.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования фамилий у славян растянулся на несколько столетий, и закрепиться прозвище могло в разных регионах независимо. Тем не менее, фамилия Фудин — это памятник живой народной речи, сохранивший в себе слово, которое сегодня уже почти не услышишь в повседневном языке.