Основой фамилии Фуганов послужило мирское имя Фуган. Скорее всего, фамилия Фуганов образована от мирского имени Фуган, которое восходит к украинскому «фуга», что значит «вьюга», «метель». Скорее всего, такое имя получил ребенок, родившийся в непогоду. Согласно другой, менее правдоподобной версии, фамилия Фуганов образована от прозвища, которое связано с заимствованным из немецкого языка словом «фуга» - плотный продольный стык двух досок. В этом случае прозвище Фуган могло относиться к числу «профессиональных» именований: его мог получить столяр. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Фуган, со временем получил фамилию Фуганов.