Фамилия Фундуракина — редкий случай, когда географическое происхождение почти не вызывает споров, а вот корень слова требует разбора. Основа здесь явно греческая, и указывает она на Молдавию, Бессарабию и юг Украины — те регионы, где исторически жили греческие общины (особенно после переселений из Османской империи в XVIII–XIX веках). Фамилия образована от мужской формы Фундуракин, которую, в свою очередь, произвели от греческого прозвища или имени.

Самая вероятная версия: в основе лежит греческое слово «фундуки» (φουντούκι) — «фундук», «лесной орех». Прозвище Фундуки мог получить либо человек, торговавший орехами, либо тот, кто жил в ореховой роще, либо — по характерной внешности (круглое лицо, карие глаза, напоминающие цвет ореха). В греческой ономастике такие «растительные» прозвища обычны, а суффикс -акин (уменьшительный, как в фамилиях Пападакис, Каратакин) типичен для греческих фамилий, адаптированных в русской среде. Русский суффикс -ин добавился уже при оформлении фамилии по славянской модели: Фундураки → Фундуракин → Фундуракина.

Менее убедительная версия выводит фамилию из тюркского «фундук» — тот же орех, но с арабским посредничеством. Однако греческое происхождение надёжнее: именно в греческих диалектах Причерноморья слово «фундуки» бытовало как прозвище, а в тюркских языках для ореха есть иные, более частые корни.

Фамилия Фундуракина — женская форма, и её носительница, скорее всего, потомок греческого переселенца, который обосновался в Новороссии или Бессарабии. В дореволюционных метрических книгах такая фамилия встречается среди мещан и крестьян Одесской, Херсонской и Таврической губерний. Сословно — не дворянская, а «простонародная», хотя и с заметным южным колоритом.