Фамилия Габиби — редкий для России случай, когда фамилия не просто заимствована, а сохранила исходную восточную форму почти без изменений. В русском ономастиконе такие фамилии встречаются в основном у народов Кавказа и Закавказья, где арабские и персидские имена веками входили в повседневный обиход.

Основа фамилии — арабское слово «хабиб» (حبيب), что значит «любимый, возлюбленный, друг». В исламской традиции это одно из имён Аллаха, а также распространённое личное имя. Переход звука «х» в «г» — типичная черта для тюркских языков и некоторых диалектов азербайджанского, где «хабиб» произносится как «габиб». Фамилия Габиби образована по восточной модели: к основе «Габиб» добавлен иранский суффикс принадлежности «-и», который в данном случае означает «относящийся к Габибу» или «потомок Габиба». Такая модель широко распространена в Азербайджане, Иране, Дагестане и среди тюркских народов.

Носители фамилии Габиби — это, скорее всего, потомки человека по имени Габиб. В родословной мог быть уважаемый старейшина, духовное лицо или просто человек, которого в селе называли «любимым». Фамилия не указывает на конкретное ремесло или сословие, но говорит о том, что предки жили в среде, где арабские имена были естественной частью культуры, а фамилии в современном понимании начали закрепляться относительно поздно — в XIX–XX веках.

Географически фамилия Габиби чаще всего встречается в Азербайджане, а также среди азербайджанских общин в Дагестане и Грузии. В России носители этой фамилии — преимущественно выходцы из Закавказья. Встречаются варианты написания: Габибов, Габиб (без суффикса), но форма «Габиби» точнее передаёт исходную восточную конструкцию.

С точки зрения словообразования, это яркий пример фамилии, которая не прошла через русскую суффиксальную обработку (-ов, -ин), а осталась в «иранском» облике. Такие фамилии в русском языке обычно не склоняются по падежам, если заканчиваются на -и.