Фамилия Габисония — редкий пример грузинской фамилии с неочевидной основой. В отличие от большинства грузинских фамилий, где суффиксы -дзе, -швили, -иани или -ава указывают на происхождение от отца, рода или местности, Габисония содержит элемент -он-, который может быть вариантом суффикса -ани, характерного для фамилий восточной Грузии (например, Кахетии). Однако такая форма встречается реже, и это делает фамилию особенной.

Разговор о значении начинается с корня «Габис». По одной версии, Габис — древнее кавказское имя, которое в переводе с осетинского предположительно означает «щенок». По другой, более правдоподобной с точки зрения грузинской ономастики, основа — именование Габисон, которое в переводе с грузинского, вероятно, означает «жеребёнок». Вторая версия выглядит убедительнее: грузинские фамилии часто отражают мир животных, а «жеребёнок» — распространённая метафора для прозвища, которое мог получить резвый, подвижный или молодой человек. Кроме того, в грузинском языке слово «гврика» (жеребёнок) имеет уменьшительные формы, и «Габисон» могло быть одним из них.

Таким образом, фамилия Габисония, скорее всего, образована от личного прозвища или имени, данного предку по его характеру или внешности. Она не связана с ремеслом или географией, что указывает на её древнее, догосударственное происхождение — когда фамилии только начинали закрепляться за родами, а основой служили бытовые прозвища. Носители фамилии, вероятно, происходят из восточных регионов Грузии, где суффикс -ани (а в данном случае его вариант -он-) был особенно распространён среди крестьян и дворянства.