Фамилия Габисова происходит от мужского имени Габис. Эта основа восходит к тюркскому языку, а в самом имени исследователи видят арабские корни. Значение имени Габис в переводе с арабского — «злой, коварный, дурной, мерзкий, гнусный». Такое значение не должно вводить в заблуждение: это не характеристика реальных качеств предка, а типичный случай охранительного имени-оберега. У многих народов, в том числе у тюркских, существовал обычай давать ребёнку имя с негативной семантикой, чтобы отвратить от него злых духов и сглаз. Надеясь вырастить доброго и благополучного мальчика, родители сознательно называли его Габисом, как бы обманывая тёмные силы.

Фамилия образована по стандартной для русской ономастики модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — «Габисов», то есть сын, потомок Габиса. Женская форма Габисова — это вариант по мужской линии, указывающий на жену или дочь носителя фамилии Габисов.

Встречаются и другие написания, например, Габисов, что характерно для фамилий на -ов/-ев, где ударение может падать на разные слоги. Процесс закрепления фамилий шёл медленно, поэтому точно определить, когда и где именно возник род Габисовых, можно только в ходе серьёзного генеалогического исследования. Однако можно предположить, что географически фамилия тяготеет к регионам, где тюркские языки и арабские заимствования были распространены исторически: Поволжье, Северный Кавказ, Закавказье.