Фамилия Габсаликова с высокой вероятностью имеет тюркское происхождение. Её основа — мужское имя Габсали, которое в свою очередь восходит к арабскому имени Абд ас-Салих (или Абдуссалях), что означает «раб Справедливого» (один из эпитетов Аллаха). В тюркской языковой среде, особенно у татар и башкир, начальное «Абд» часто стягивалось и упрощалось, превращаясь в «Габ», «Гап» или «Ап». Так имя Абдуссалях могло трансформироваться в Габсали, а от него уже образовалась фамилия.

Суффикс «-ова» указывает на принадлежность к роду: Габсаликова — это «дочь (или жена) человека по имени Габсали». Такая модель типична для русских фамилий, которые давали нерусским народам при крещении или при записи в официальные документы (ревизские сказки, метрики). Фамилия закрепилась в среде поволжских татар и башкир, где подобные имена были распространены, а затем, в результате миграций, могла попасть в другие регионы.

Стоит отметить, что в русском языке фамилия пишется через «а» во втором слоге (Габсаликова), хотя в тюркском произношении возможен вариант с «ы» (Габсылык). Это объясняется адаптацией к русской орфографии: звук [ы] в заимствованных словах часто передаётся как «и». Таким образом, Габсаликова — не случайное сочетание звуков, а точный след имени, которое носило религиозный смысл и указывало на верность исламской традиции в роду.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Габсаликов стоит в одном ряду с Габдрахмановым, Габдуллиным, Габбасовым — все они образованы от имён, начинающихся с «Габд-» (араб. ‘абд — раб). Но в отличие от них, основа «Салих» встречается реже, что делает фамилию более узнаваемой и менее распространённой. Встречается она преимущественно в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях, где исторически жили тюркские народы.