Фамилия Габужа — редкий случай, когда прозвище или имя-основа не поддаётся однозначной славянской этимологии, и это делает её особенно интересной. В отличие от типичных русских фамилий на -ов, -ев или -ин, эта фамилия не имеет стандартного патронимического суффикса, что сразу указывает на её возможное нерусское, скорее всего, западное или южнославянское происхождение.

Скорее всего, основа «Габужа» восходит к прозвищу, которое могло быть образовано от диалектного слова. В польском и белорусском языках есть слово «gabuś» или «gabać» — означающее «хватать», «задевать», «приставать». Соответственно, прозвище Габужа могли дать человеку навязчивому, хваткому или, наоборот, обидчивому. Возможна и другая версия: в украинских говорах «габувати» значит «гнушаться», «брезговать», что даёт совершенно иной смысл — прозвище для брезгливого или привередливого человека.

Суффикс -жа нехарактерен для великорусских фамилий, но встречается в польских, белорусских и украинских фамилиях, часто образованных от глагольных основ (ср. Маружа, Горбужа). Поэтому географически фамилия Габужа, вероятнее всего, имеет корни на территории современной Беларуси или западной Украины, откуда могла распространиться в Россию в результате миграций XIX–XX веков.

Если рассматривать фамилию как усечённую форму от более длинной, то возможна связь с именем Гавриил (в просторечии Гаврюша → Габуша → Габужа), но это менее вероятно из-за нехарактерного перехода «ш» в «ж». В любом случае, носитель фамилии Габужа может с уверенностью говорить, что его предки не были крестьянами центральной России — их прозвище, скорее всего, возникло в среде польско-литовского или украинского пограничья и отражало либо особенность характера, либо род занятий, связанный с «хваткой» или торговлей.