Фамилия Гафилина образована от сложной модели, где соединились арабское и тюркское начала. Её основа — мужское имя Гафи, которое восходит к арабскому слову со значением «прощающий», а также «здоровый и благополучный». Ко второй части имени — «ил» — добавили русский суффикс -ин, типичный для фамилий, указывающих на принадлежность к роду. В переводе с татарского «ил» означает «страна, родина, край, село; народ, мир, общество». Если складывать смыслы, буквальное значение фамилии Гафилина — «благополучный народ».

Такая конструкция встречается нечасто: обычно фамилии на -ин образуются от имени или прозвища отца, а здесь мы видим двусоставное имя-пожелание. Это характерно для тюрко-мусульманской традиции, где к личному имени могли добавлять социально значимый компонент.

Проникновению подобных основ в русские фамилии способствовала история: в России многие дворяне и служилые люди были нерусского происхождения. Поэтому фамилия Гафилина могла закрепиться в среде татарской или башкирской знати, которая со временем влилась в российское дворянство. Однако точно определить, к какому сословию относились первые носители, можно лишь на основе генеалогических разысканий — процесс формирования фамилий в России был долгим, и не все ветви оставили документальные следы.